Прошлые проекты

 

Развитие метода КМ/ММ с гибкими эффективными фрагментами для моделирования свойств биомолекул

Б.Л. Григоренко, И.А. Калиман, С.С. Конюхов, А.А. Московский, А.В. Немухин

Развитие приближения гибридного метода квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ), основанного на потенциалах эффективных фрагментов (ПЭФ) (M. Gordon и соавторы), для моделирования свойств и реакционной способности больших молекулярных систем. Разработка новой версии компьютерной программы, основанной на последнем варианте квантовохимического пакета PC GAMESS (А.А. Грановский) и пакете молекулярного моделирования TINKER (J. Ponder). Новая КМ/ММ программа позволяет использовать теорию функционала плотности в квантовой части.

 

Моделирование механизмов реакций гидролиза нуклеозидтрифосфатов в белках

Б.Л. Григоренко, М.С. Шадрина, И.Н. Купченко, А.В. Немухин

Изучение механизмов гидролиза гуанозинтрифосфата (ГТФ) в G-белках с помощью КМ/ММ метода, основанного на гибких эффективных фрагментах. Анализ реакций гидролиза в факторе элонгации EF-Tu и трансдуцине. Создана база данных для рассчитанных энергетических профилей реакций гидролиза нуклеозидтрифосфатов в различных белках, которая расширяется и пополняется и сейчас.

 

Развитие точных методов вычисления оптических спектров биологических хромофоров

А.В. Боченкова, К.Б. Бравая, А.А. Гравновский, А.В. Немухин

Использование новых методов молекулярного моделирования для точного вычисления оптического спектра газофазных молекул  биологических хромофоров.

 

Моделирование свойств флуоресцентного белка asFP595

Б.Л. Григоренко, И.В. Поляков, А.В. Немухин, совместно с проф. А.П. Савитским (Институт биохимии им. А.Н. Баха, РАН)

Моделирование свойств одного из флуоресцирующих белков, asFP595. Целью моделирования является разгадка механизма возгорания.

 

Моделирование фотопоглощения ретиналя в белке родопсине, в растворе и в газовой фазе

К.Б. Бравая, А.В. Боченкова, А.А. Грановский, А.В. Немухин

Исследование спектров ретиналя в воде и в белке родопсине методом КМ/ММ. Показано, что ключевым фактором, влияющим на опсиновый сдвиг, являются конформационные изменения хромофоре, благодаря образованию специфической сетки водородных связей в белковом окружении.

 

Моделирование свойств и спектров фоторецепторных белков с BLUF доменами

Б.Л. Григоренко, А.В. Немухин, совместно с Dr. T. Domratcheva (Max-Plank Institute of Medical Studies, Heidelberg, Germany)

Для характеристики фотовозбуждения BLUF-содержащих фоторецепторов используются методы КМ/ММ и квантовой химии.

 

Развитие и применения молекулярной динамики твердых тел

А.А. Московский, А.В. Акимов, И.А. Калиман, С.С. Конюхов, А.В. Немухин

Разработка новой компьютерной программы молекулярной динамики для твердых тел, которую планируется использовать в будущем для комбинированной квантово-классической молекулярной динамики. Частью этого проекта является моделирование движения наномашин.

 

Моделирование колебательного спектра HArF в аргоновых матрицах

А.В. Боченкова, А.А. Грановский, А.В. Немухин, совместно с L.Yu. Khriachtchev, M. Rasanen (Laboratory of Physical Chemistry, University of  Helsinki, P. O. Box 55, FIN-00014 Helsinki, Finland)

Изучение особенностей колебательного спектра молекулы HArF в аргоновых матрицах.

 

Фотохимия пероксида водорода в низкотемпературных матрицах

Б.Л. Григоренко, А.В. Немухин, совместно с L.Yu. Khriachtchev, M. Rasanen (Laboratory of Physical Chemistry, University of Helsinki, P. O. Box 55, FIN-00014 Helsinki, Finland)

С помощью квантовой химии изучается образование пероксида водорода в фотохимических реакциях в низкотемпературных матрицах.