Новости

Июнь 2016 Август 2016 Сентябрь 2016 Октябрь 2016 Ноябрь 2016 Декабрь 2016

Декабрь 2016

16-17 декабря, Хайдарабад, Индия: конференция по высокопроизводительным вычислениям Intel HPC DevCon 2016 India
Приглашённый доклад:
Quantum chemistry code optimization for Intel MIC architecture
Миронов В.А.

Ноябрь 2016

Состоялась успешная защита диссертации, и заместителю заведующего лабораторией к.ф.-м.н. Марии Григорьевне Хреновой присвоена степень доктора физико-математических наук!


На XXXIV Всероссийском симпозиуме молодых ученых по химической кинетике, состоявшемся 14-17 ноября 2016 года, наша аспирантка Анна Михайловна Кулакова стала победителем конкурса работ молодых учёных!


29 ноября – 2 декабря, Переславль-Залесский, Россия:
Национальный суперкомпьютерный форум
Доклад:
Суперкомпьютерное моделирование больших молекулярных систем на примере светособирающей антенны фотосинтетического аппарата пурпурной бактерии
Поляков И.В., Московский А.А., Немухин А.В.

Октябрь 2016


24-26 октября 2016 г. состоялась XVI Международная молодёжная конференция ИБХФ РАН-ВУЗы “Биохимическая физика” и школа “Современные проблемы биохимической физики”.

Доклады на конференции:

Изоморфизм карбоксилэстеразы-1 человека
(Кулакова А.М.)

Моделирование спектров поглощения агрегатов бактериохлорофиллов с помощью современных методов квантовой химии
(Поляков И.В.)

Различие в строении ацетилхолинэстераз различных видов и влияние его на кинетику взаимодействия с ингибиторами
(Новичкова Д.А.)

Роль аминокислотных остатков активного центра ферментативного комплекса Ras-GAP в электростатической стабилизации переходного состояния реакции и количественные оценки этой стабилизации
(Лычко Л.А.)

Стендовые доклады:

Моделирование влияния растворителя на каталитические способности матричной металлопротеиназы ММР-2
(Капуста Д.П.)

Изучение процесса выхода продукта ферментативного гидролиза гуанозинтрифосфата из активного центра комплекса Ras-GAP
(Анучин Н.М.)

 


Сентябрь 2016


На XXVIII Симпозиуме Современная химическая физика были представлены доклады:

Квантовая химия флавин-содержащих белков

(Хренова М.Г., Немухин А.В.)

Моделирование поглощения светособирающей антенны Thermochromatium tepidum

(Поляков И.В., Хренова М.Г., Немухин А.В.)


Август 11, 2016


Наша статья “Analysis of proton wires in the enzyme active site suggests a mechanism of c-di-GMP hydrolysis by the EAL domain phosphodiesterases”, авторы Белла Григоренко, Марина Князева и Александр Немухин, доступна для чтения в журнале  Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics [Wiley Online Library (wileyonlinelibrary.com). DOI: 10.1002/prot.25108].

Результаты молекулярного моделирования позволили впервые раскрыть механизм реакции гидролиза циклического димерного гуанозинмонофосфата (c-di-GMP) фосфодиэстеразами с EAL доменом. Молекулярная система, моделирующая фермент-субстратный комплекс, была подготовлена по мотивам кристаллической структуры белка BlrP1 в комплексе с c-di-GMP. На первой стадии реакции из молекулы воды, координируемой биметаллическим центром фермента, образуется гидроксил анион в положении, благоприятном для нуклеофильной атаки атома фосфора субстрата. Наиболее трудной задачей было найти путь передачи протона на атом O3′ c-di-GMP, что необходимо для разрыва связи O3′-P. Показано, что сеть водородных связей, захватывающая молекулы воды и боковые цепи Glu359 и Asp303, обеспечивает протонный проводник. Предложенный механизм согласуется с результатами экспериментальных структурных и кинетических исследований фосфодиэстераз с EAL доменом.

2016-08-11-Pic4News

Графический абстракт.

Дополнительная информация в разделе ‘Научная деятельность/Текущие проекты‘


Июнь 27, 2016

 


Опубликовано интервью нашего сотрудника к.ф.-м.н. В.А. Миронова в журнале Scientific Computing:
Modern Quantum Chemistry Research Possible Because of Supercomputers, HPC Software